Kendi bestelerinden oluşan ilk albümünü aynı yılın ağustos ayında Stüdyo Spectrum’da kaydeden grup, 1996’nın Ocak ayında çalışmaya son halini verdi ve "Şehir", 1996’nın Haziran ayında piyasaya çıktı. Grubun ilk video klibi "Yalnız Şarkı", farklı tarzıyla ilgi çekti.
1997 yılı grup adına önemli gelişmelere sahne oldu. İstanbul dışındaki ilk konserini ODTÜ’de veren mor ve ötesi’nde ilk eleman değişikliği de bu yıl gerçekleşti ve Burak Güven, Alper Tekin’in yerine gruba dahil oldu. Şubat 1998’den itibaren Captain Hook’ta ilk düzenli bar programını yapan mor ve ötesi, bir yandan da yeni albümünü hazırlıyordu. Ada Müzik Stüdyosu’nda Volkan Gürkan’la beraber kaydedilen Bırak Zaman Aksın’ın ardından Derin Esmer gruptan ayrılırken, Kerem Özyeğen gruba katıldı. Albüm 1999 Mart ayında Ada Müzik tarafından yayımlandı.
1999 yılının Ağustos ayına gelindiğinde grup bir Bülent Ortaçgil bestesi olan "Sen Varsın" üzerinde çalışıyordu. Tam o günlerde benzersiz bir felaketle karşılaştı Türkiye. 17 Ağustos depreminden sonra, herkes gibi, grup da bir süre kendine gelemedi.
2000 yılının başlarında mor ve ötesi ülke çapındaki nükleer enerji karşıtı kampanyaya çeşitli konser ve aktivitelerle destek verdi. Temmuz ayında grubun "Sen Varsın"la katıldığı Şarkılar Bir Oyundur adlı Bülent Ortaçgil’e saygı albümü yayımlandı. Mor ve ötesi üçüncü albümünün kayıtlarına girmeden önceki en önemli performansını 9 Aralık’ta İstanbul’da Placebo’nun ön grubu olarak gerçekleştirdi.
Üçüncü albüm Gül Kendine’nin kayıtları, 27 Aralık günü Volkan Gürkan prodüktörlüğünde Ada Müzik stüdyosunda başladı ve albüm 2001 Aralık ayında piyasaya çıktı.
2002 Nisan ayında mor ve ötesi İzmir, Denizli, Bursa, Adana, Antalya ve Antakya’yı kapsayan ilk Türkiye turnesine çıktı. 2 Temmuz 2002 akşamı İstanbul’da yapılan H2000 festivalinde mor ve ötesi tarihinin en başarılı konserlerinden birini verdi. Çeşitli basın yayın organlarınca görsel ve işitsel bir şölen olarak nitelenen performansa yaklaşık beş bin kişi tanıklık etti.
2003 yılında patlayan savaşa karşı oluşan geniş muhalefete mor ve ötesi de sanatçı dostlarıyla birlikte katıldı. Grubun bestelediği ve Aylin Aslım, Athena, Bülent Ortaçgil, Feridun Düzağaç, Koray Candemir, Nejat Yavaşoğulları ve Vega ile birlikte seslendirilen "Savaşa Hiç Gerek Yok" adlı parça, savaş karşıtı hareketin marşlarından biri oldu ve 1 Mart 2003 günü Ankara’da yüz bin kişiyle birlikte söylendi.
2003 Mayıs’ında mor ve ötesi Yaz isimli bir single çıkardı. Bu yayımda yer alan Şehrazat bestesi "Yaz Yaz Yaz", yaza damgasını vururken, grup on yedi kenti kapsayan bir turne gerçekleştirdi. Sonbaharla birlikte dördüncü albüm çalışmalarına hız veren mor ve ötesi, bir yandan da Çağan Irmak’ın Mustafa Hakkında Herşey filminin müziklerini hazırladı.
Ocak 2004’te Dünya Yalan Söylüyor için Tarkan Gözübüyük prodüktörlüğünde stüdyoya girildi ve albüm 30 Nisan Cuma günü yayımlandı. İlk single "Cambaz" radyo ve televizyonlarda büyük ses getirirken, bugüne kadar Türk rock sahnesinde emsali gorülmemiş bir başarının habercisi oluyordu. Fikret Kızılok’un ’Sevda Çiceği’ adlı şarkısına grubun getirdiği yorum albümün başarısını perçinlerken, Mustafa Hakkında Hersey filminde de yer alan, albümün üçüncü single’ı "Bir Derdim Var", Antalya Altın Portakal Film Festivali’nde ’En İyi Film Şarkısı’ seçilerek Altın Portakal ödülünü aldı ve hem dinleyiciler hem de müzik otoriteleri tarafından yılın şarkısı olarak değerlendirildi.
Bu başarıyı, oldukça yoğun ve kapsamlı bir konser ve turne trafiğiyle destekleyen grup, müziğini yurt çapında büyük kitlelerle paylaşma şansı buldu. Bu konserler arasında Bostancı Gösteri Merkezi ve Harbiye Açıkhava Tiyatrosu performansları, istisnai işitsel/görsel yapıları ve yüksek seyirci katılımıyla öne çıktı.
2005 yılı sonlarında beşinci albümünün proavları için stüdyoya kapanan grup, Şubat-Nisan ayları arasında kayıt ve miksleri tamamlayıp, Büyük Düşler’i 9 Mayıs 2006’da çıkardı. Albümün çıktığı gün kapsamlı bir Anadolu turnesine çıkan grup, yaz aylarını yüksek profilli birkaç İstanbul konseri ile nispeten sessiz ve sakin geçirdi. Bu konserler arasında Haziıran ayında Morrissey ile yapılan One Love Festival ile Mercan Dede, Şebnem Ferah ve Bauhaus grubunun efsanevi solisti Peter Murphy’nin misafir olarak katıldığı Harbiye Açıkhava Tiyatrosu’ndaki iki buçuk saatlik performans özellikleriyle öne çıktı. Dünya Yalan Söylüyor’a nazaran daha içe dönük ve kişisel bir albüm olarak nitelendirilen Büyük Düşler’den ilk single ve video "Şirket" oldu. Grup, bugünlerde Büyük Düşler’in ikinci single ve videosunun karar aşamasında. Albümün üçüncü şarkısı olan "Ayıp Olmaz Mı?" en güçlü aday olarak duruyor
Grubun 2004 yılında çıkardığı Dünya Yalan Söylüyor isimli albümü "Gelmiş Geçmiş en iyi Türk Rock albümleri" başlığı altında bir dergide yayınlanan listede birinci seçilmiştir.
Ayrıca grubun eski üyesi Alper Tekin 2002 yılının Ocak ayında trafik kazasından vefat etmiştir.